No meu caso, era um software de segurança empresarial. Usamos muitos pacotes de segurança e mantemos pacotes de dados confidenciais, e acredito que seja um desses.
Qualquer editor que atualize o arquivo no local mostra esse comportamento na minha máquina. Os editores que gravam a saída em um novo arquivo (e renomeiam o arquivo antigo para .bak e depois renomeiam o novo arquivo para o nome do arquivo original) funcionam corretamente nesta máquina.