Se você abortar manualmente, isso não será implementado, já que o ffmpeg não tem nenhum conceito de progresso. Ele não sabe que uma saída terá 200 segundos e, portanto, se interrompida a 100 segundos, o processamento ficou incompleto.
Se o ffmpeg parar devido a um erro, seu código de saída será > 0. Então, você pode pegar isso e deletar o arquivo de saída correspondente.