Quando me deparo com esses problemas (BCD danificado ou excluído), eu uso uma unidade flash USB para inicializar no Windows PE ou às vezes no Windows To Go com meu disco rígido portátil. Nesse ambiente, montei a partição do sistema e a partição de inicialização, abra o Prompt de Comando e execute:
bcdboot D:\Windows -s E:
Onde D e E são sistema e inicialização (partição ativa no MBR ou ESP no GPT), respectivamente.
Normalmente, isso é tudo que faço e quando reinicializo o sistema instalado no D:
boot normalmente.