Ainda estou um pouco confuso sobre o seu ambiente. Espero que você possa me dar informações mais detalhadas.
Se você quer apenas que a posição do Windows não mude, você pode usar a função de tela de bloqueio.
Você pode usar essa opção quando sair e digitar sua senha quando voltar. Esta opção não irá alterar a posição das janelas.
Os passos são fáceis. Basta pressionar "Ctrl" + "Alt" + "Delete" e clicar em "bloquear".