Após a reabertura, o Notepad ++ perde (joga fora) todas as guias relacionadas a arquivos ausentes, mesmo que tenha seu backup no diretório de arquivos salvos. Então você encontrou o comportamento esperado.
Se você realmente quiser mover esses arquivos e mantê-los abertos, atualize o caminho deles no arquivo session.xml
antes de abrir o Notepad ++. (Use outro editor de texto para fazer isso.) Então você os encontra ainda presentes depois de reabrir o Notepad ++.