Eles não continuarão a fazer o download, mas o Windows será reativado no tempo de atualização predeterminado para aplicar as atualizações (geralmente 3h por padrão). Isso só funciona se o computador estiver adormecido ... se estiver totalmente desligado ou no modo de hibernação, ele não ligará automaticamente.
Origem: Os downloads e as atualizações continuam enquanto o computador está no modo de suspensão?
O Windows Update suporta a pausa e a reinicialização de downloads. Você não precisa se preocupar se precisar desligar o computador ou se tiver perdido a conexão com a Internet durante o download de uma atualização. Quando a conexão for restabelecida, o download continuará onde parou.
Se o seu computador não estiver ligado durante o horário agendado para a instalação das atualizações, o agente do Windows Update tentará ativar o computador (se o computador estiver no modo de suspensão) ou aguardar a ativação do PC novamente. Assim que o PC for executado novamente, ele instalará as atualizações.