Como sugerido por um amigo experiente, usei o parâmetro -aac_coder twoloop no sistema Windows 10 e o problema foi corrigido.
Eu tenho dois sistemas diferentes (Windows 10 LTSB e Windows Server 2012) executando a mesma versão do ffmpeg e estou executando o seguinte comando em ambos:
ffmpeg -i input.mp3 -vn -c:a aac -b:a 160k -ac 2 -ar 44100 output.mp4
(com "input.mp3" sendo o mesmo arquivo exato)
Neste sistema, estou obtendo uma saída granulada e de baixa qualidade, enquanto no outro sistema estou obtendo resultados claros de alta qualidade.
Acontece mesmo com todas as outras versões do ffmpeg: Grainy resulta neste sistema, bons resultados no outro sistema. Mesmo comando exato.
Existe uma explicação lógica para isso?
Log do Win10: link
Log do servidor 2012: link
Como sugerido por um amigo experiente, usei o parâmetro -aac_coder twoloop no sistema Windows 10 e o problema foi corrigido.