Parece que o Git está invocando vimdiff do diretório ~/Desktop/project e passa os arquivos como src/... . Com esse caminho relativo, o Vim consultará a configuração 'cdpath' e o que estiver lá não terá um diretório src/ , e assim o erro ocorre (a partir da linha de comando).
O caminho correto para o Git seria usar ./src/... , ou um caminho absoluto, mas isso provavelmente é difícil de mudar. Em vez disso, você pode influenciar o valor padrão do Vim por meio da variável de ambiente CDPATH ou apenas colocar :set cdpath= no seu ~/.vimrc para desabilitar pragmaticamente essas pesquisas.