Você diz que está usando o shell de comando do Windows, mas a primeira linha de comando exibida (aquela que inicia "para o arquivo") não se parece com o Windows, mais como algum tipo de comando shell do Linux. O segundo não funciona porque o ffmpeg não aceita um caractere curinga como uma especificação de arquivo de entrada.
Esse comando de uma linha do Windows faz o que você quer, para fazer o ffmpeg (usando suas opções acima) tomar como entrada, cada arquivo flac na pasta atual e gerar, na mesma pasta, um arquivo mp3 com o mesmo nome antes da extensão:
No prompt:
for %A in (*.flac) do ffmpeg -i "%~nA.flac" -c:v copy -b:a 320k "%~nA.mp3"
Se o arquivo mp3 já existir, o ffmpeg perguntará se você deseja sobrescrevê-lo.
Nota: o comando acima é criado para a linha de comando. Não funcionará em um script em lote. Para isso, você precisa dobrar todos os sinais de porcentagem (%) como este
No script em lote (cmd):
for %%A in (*.flac) do ffmpeg -i "%%~nA.flac" -c:v copy -b:a 320k "%%~nA.mp3"