Quando você instalou o kvm, alguns outros pacotes provavelmente foram atualizados (provavelmente o xorg ou o kernel) e esses pacotes são problemáticos, resultando em problemas com seus gráficos. Você ainda está executando 12.04.2, tente atualizar para a versão mais recente (12.04.4) fazendo apt-get update && apt-get dist-upgrade