Você pode usar sed :
sed -i.bak '1s/^.*$/new line/' *.txt
Isso substituirá a primeira linha de todos os arquivos .txt no diretório atual pelo texto new line , altere-o para atender às suas necessidades.
Também será feito backup dos arquivos originais com a extensão .bak , se você não quiser, use:
sed -i '1s/^.*$/new line/' *.txt