Eu estava usando Strawberry Perl, então se você tem esse e quer usar Perl em MSYS2 ou Git for Windows você precisa especificar uma variável ENV chamada PERL5LIB com o caminho para seus módulos em Strawberry Perl ou a distribuição Perl que você tem. .
export PERL5LIB=/c/Strawberry/perl/vendor/lib
que para ser permanente em seu sistema tem que estar localizado em seu .bashrc em sua rota de casa. Dessa forma, tanto o CMD quanto o bash usarão os mesmos módulos.