Limpar o disco apenas toca nos dados do disco e não afeta o firmware. O firmware é geralmente cozido no chip no disco e não pode ser alterado, pois geralmente também é criptografado e assinado digitalmente, por isso é bem protegido contra hackers.
Quando um disco começa a morrer, não há como consertá-lo, o disco acabou de chegar seu fim de vida. Às vezes os erros de disco têm a ver com manchas no disco perdendo seu magnetismo, e esse problema pode ser resolvido por um lento (não rápido) reformatação do disco para renovar o magnetismo - os dados em si pode ser salvo por produtos como os listados em esta resposta .
A única maneira de manter seus dados seguros é ter um backup em outro disco, já que para dois discos falhar ao mesmo tempo é improvável. Fique de olho também no S.M.A.R.T. indicadores do (s) disco (s), que pode dar um alerta antecipado de problemas.