Perguntas sobre isso já foram feitas, no entanto, nenhuma delas é específica o suficiente para ser respondida.
Eu não experimentei nada parecido com isso no meu Toshiba, Samsung e Hitachi. Mas em um dos meus WD e 3 dos meus HDDs externos da Seagate. Eu suspeito que tenha algo a ver com o módulo de driver dessas unidades.
Problema: O HDD externo continua sendo lido (identificado por meio da atividade do LED). O Windows continua lendo, o Gerenciamento de Disco (diskmgmt.msc) continua lendo o disco virtual (indicado na barra de status) até que o HDD "quebrado" seja desconectado do PC. No Linux conectando o dispositivo parece funcionar como deveria ser, no entanto, um dos meus WD HDDs parece estar ficando mais quente do que os outros que eu tenho. executar fdisk -l mostra algo semelhante a isso.
Disk /dev/sdc: 931.5 GiB, 1000204885504 bytes, 1953525167 sectors Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 33553920 bytes Disklabel type: dos Disk identifier: 0x226d79f7
Device Boot Start End Sectors Size Id Type /dev/sdc1
2048 1953521663 1953519616 931.5G 7 HPFS/NTFS/exFAT
Correção de trabalho conhecida: a correção de trabalho parece corrigir apenas temporariamente as unidades e reverter depois de alguns dias.
Switch to your favorite linux distro and backup your files. Switch back to Windows and reformat the drive(s) twice. Reboot twice, then copy the files back to the drives.
P.S.
Será repostado para qualquer fórum do Windows baseado na comunidade.