Eu não testei, mas você pode tentar --max-delete = 0 como uma opção para experimentar. Existem desafios óbvios (por exemplo, se o diretório de origem excluir um arquivo, ele nunca será excluído do destino).
Na sua posição, eu consideraria seriamente o scp em vez do rsync (se você está fazendo apenas uma transferência), ou criando um diretório paralelo usando hard links.
Isso seria parecido com o seguinte (novamente, experimentar e testar; não executei nenhum desses comandos por algum tempo):
Do seu diretório de trabalho / sincronização:
rsync --inplace A/Project ./Project # Perform all of the syncs
rsync --inplace B/Project1 ./Project1
rsync --inplace C/Project2 ./Project2
rsync --inplace D/Project3 ./Project3
mkdir -p /tmp/combination/Project # Create the destination dir if needed.
rm -r /tmp/combination/Project/* # Clean it out of old cruft.
cp -l */* /tmp/combination/Project/ # Create hard links at the correct scope.
Sua saída desejada deve estar em / tmp / combination / Project, e deve ser atualizada para a atual executando todos os comandos acima uma segunda vez.