Isto parece que é feito por design na nova versão do Nautilus em 16.04.
Se você clicar em outra partição, uma nova janela será aberta. É muito chato.
Uma solução para isso é fazer montagens permanentes para essas partições em fstab
e criar marcadores para os pontos de montagem no Nautilus ou criar links simbólicos para a pasta Início.
Em seguida, você abrirá essas partições como diretórios comuns na mesma janela.