Já considerou o bat2exe ? Crie um novo diretório, copie seus executáveis e adicione o seguinte script em lote com qualquer nome:
@echo off
dir /b *.exe
echo Enter what to execute:
set /p exec=
%exec%.exe
pause
Siga as instruções na tela do bat2exe. Essa pode não ser a solução mais elegante, mas ainda deve funcionar.