Porque o gerenciador de tarefas arredonda ou arredonda os valores de uso da CPU por processo. Você pode ver um monte de processo usando "0%" da CPU, isso é falso, eles usam "0.xxxxxx%" CPU na verdade. O gerente de processo mostrará um valor mais preciso para você. Algum processo também pode estar oculto (PID negativo, sendo executado como outro usuário) ou algum hardware pode ter acesso direto à CPU passando seu sistema operacional (mas provavelmente não).
Execute o Process Explorer e você verá o uso da CPU para tudo, incluindo o processo em execução em outro usuário do Windows.