A única sugestão que eu poderia dar seria tentar editar as opções de inicialização no boot.ini ou usando o bcdedit. Você pode ser capaz de acessar o arquivo boot.ini usando a inicialização do linux, ou você pode usar o bcdedit se tiver um disco de recuperação do Windows. Você pode fazer um disco de recuperação do Windows a partir de uma máquina Windows em funcionamento, de preferência a mesma versão do Windows que está na máquina em que você está trabalhando. Apesar de nunca ter encontrado a situação que você está descrevendo, não estou certo de que você consiga corrigir o problema alterando as configurações / parâmetros de inicialização.
Veja um guia no site da MS para editar a inicialização opções e outro para o bcdedit .
A opção de inicialização para o modo de segurança é "safeboot". Você pode ter que localizar e remover isso da opção de inicialização padrão.