Se as subpastas tiverem um nome de arquivo maior, basta encurtá-lo e copiá-lo.
Se as subpastas forem muito profundas, tente a seguinte solução alternativa.
- copie as subpastas para o diretório raiz ou diretório próximo ao diretório raiz.
- copie as subpastas (foram copiadas para o diretório raiz) para onde você quiser.