Você precisa fazer o backup dos diretórios, bem como dos arquivos, para os quais você precisa fazer duas coisas: -
1) Adicione os diretórios à sua lista de arquivos:
file1.txt
dir1
dir1/file2.txt
dir1/dir2
dir1/dir2/file3.txt
2) Adicione --no-recursion à cadeia de execução de backup para parar todos os outros arquivos nos diretórios incluídos:
tar cf files.tar --no-recursion -T filelist.txt
Observe que a ordem é importante: os diretórios devem preceder qualquer referência em um subdiretório ou arquivo; e o parâmetro --no-recursion deve vir antes do -T , mas depois do comando cf FileName .