Tudo depende da configuração que você deseja fazer.
Uma configuração de trabalho pode ser:
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Particione e formate suas unidades da maneira que você quiser.
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Instale o VeraCrypt e monte todos os seus contêineres ou partições criptografados. Enquanto os contêineres estiverem montados, instale o Deep Freeze Alternate com a opção de apenas congelar a unidade C:.
Instalando o Deep Freeze Alternate por último, ele deve ver todas as partições e unidades montadas. Caso contrário, ele pode redefinir para o status congelado em qualquer outra unidade que não seja vista inicialmente.
Portanto, em conclusão, DF seu C: e deixe as outras partições (como D: com tem volumes criptografados e os próprios volumes montados) intocadas.