$ m4 --version
não produzindo saída é um sintoma de falta de dll ou incompatibilidade em sua versão devido a uma atualização com falha. Aposto que você atualizou o cygwin com um processo ainda em execução.
executar strace m4 --version
provavelmente confirmará a incompatibilidade de versão e informará sobre um símbolo ausente.
Controlando as dependências do m4 que temos
$ cygcheck m4
Found: D:\cygwin64\bin\m4.exe
D:\cygwin64\bin\m4.exe
D:\cygwin64\bin\cygwin1.dll
C:\windows\system32\KERNEL32.dll
C:\windows\system32\ntdll.dll
C:\windows\system32\KERNELBASE.dll
D:\cygwin64\bin\cygsigsegv-2.dll
É claro que você tem um cygwin1.dll
, mas pode ser uma versão errada.
Para a outra dependência
$ cygcheck -f /usr/bin/cygsigsegv-2.dll
libsigsegv2-2.10-2
Portanto, você deve reinstalar os pacotes: cygwin
e libsigsegv2