Se você não usa start, ele deve esperar até que o programa seja fechado.
Seu script ficaria assim:
echo Welcome to notepad
"C:\Program Files (x86)\Notepad++\notepad++.exe"
echo "hello notepad"
Iniciar é útil para fazer o explorador manipular a solicitação, mas no seu caso isso não é necessário. O início pode ser útil para iniciar o programa responsável por determinadas extensões. Por exemplo, para iniciar o Word e abrir seu arquivo docx: você usaria
start "" c:\files\file.docx
O start também pode ser usado para iniciar vários programas ao mesmo tempo sem esperar um pelo outro.
Tenha em mente que o Notepad ++ permite que apenas uma instância seja aberta. Se você iniciar o notepad ++ uma segunda vez, esse processo é morto instantaneamente, então o script continua.