How can I make sure my main Windows partition won't be infected?
Você nunca pode ter 100% de certeza, mas simplesmente não montar a outra partição irá percorrer um longo caminho.
No Windows 10, você pode encontrar a interface relevante para montar e desmontar partições para pastas de letras de unidade em:
- Clique com o botão direito no início (também conhecido como sinalizador do windows)
- selecione executar
- digite 'diskmgmt.msc'
- Clique com o botão direito do mouse na unidade que você deseja alterar.
- selecione alterar letra e caminhos da unidade.
- Remova a letra da unidade ou o ponto de montagem.
Should I just create a new partition to install Windows 10 and it will be fine?
Não. O Windows tem a tendência de mostrar sempre todas as partições montadas como letras de unidade. Isso é fácil acesso para você e fácil acesso para qualquer malware.
I can't use virtualisation for performance reasons
Por que não? A última vez que usei a virtualização arquivei 98% da velocidade de cálculo do bare metal. Diferença negliable. Você está usando um programa especial com muitos syscalls? Acesso a uma placa PCI-e especial sem passthough? Etc etc.
Se não, a virtualização deve ser quase tão rápida, mais conveniente (não é necessário alternar sistemas operacionais inicializados) e geralmente é mais fácil fazer rapidamente um backup completo do sistema ou usar instantâneos.