Até onde eu sei, não há ferramentas internas do Windows para fazer o backup do MBR.
Você pode usar a ferramenta de terceiros Bootice .
Se você quer apenas restaurar o MBR padrão do Windows, não precisa de backups e há uma ferramenta oficial do MS para fazer isso. Inicialize a partir de uma mídia de instalação do Windows (Windows Vista ou mais recente), pressione Shift + F10 e digite bootrec /fixmbr .