OK, então 'wmctrl' foi minha resposta, se você ainda não a tiver
apt-get install wmctrl
Para ver sua configuração do espaço de trabalho
wmctrl -d
Então meu pequeno script python se parece com:
#!/usr/bin/env python
import subprocess
import time
while True:
subprocess.call(['wmctrl', '-s', '0'])
time.sleep(10)
subprocess.call(['wmctrl', '-s', '1'])
time.sleep(10)
subprocess.call(['wmctrl', '-s', '2'])
time.sleep(10)
subprocess.call(['wmctrl', '-s', '3'])
time.sleep(10)
'- s' diz ao wmctrl para ir a um espaço de trabalho e 0-3 são meus espaços de trabalho disponíveis.