Você não pode usar um utilitário de backup genérico, como o Back in Time, para fazer backup de bancos de dados.
Como você descobriu, você precisa de um instantâneo consistente dos arquivos do banco de dados para ter um backup viável. Sem isso, você vai acabar com algo que não está correto ou simplesmente não inicia. O problema é que ib_logfile*
são temporariamente armazenadas do que migradas para os espaços de tabela. Você só pode deletá-los se você desligar (o que é mais que um systemctl pára o mysqld) o que obviamente não aconteceu quando você fez o backup.
Então, para o MySQL, use um programa de backup que reconheça o MySQL (mysqldump, mydumper, xtrabackup) ou uma ferramenta de snapshot consistente (instantâneos llvm ou uma funcionalidade de snapshot consistente baseada em sistema de arquivos) ou um slave de replicação métodos anteriores.
O confronto com arquivos de dados MySQL de fora do MySQL só resultará em dataloss. Não faça isso.