Para essa pergunta, eu usaria o código abaixo com base na conversa que estava vinculada (certifique-se de salvar isso como .bat não .txt).
for %%A IN (*.mkv) do (
"C:\Program Files\MKVToolNix\mkvmerge.exe" -o "remux-%%~nxA" "%%~A" --track-name "0:English" --language "0:eng" "%%~nA.EN.srt" --track-name "0:French" --language "0:fre" "%%~nA.FR.srt"
pause
)
Se você quiser que isso seja totalmente automatizado, remova a linha pause
.