Eu tive o mesmo problema, quando eu queria atualizar meus certificados letsencrypt com um servidor web temporário por certbot
: toda vez, eu parei nginx com
service stop nginx
após alguns segundos, ele foi reiniciado automaticamente, então, quando chegou a hora de servir a prova do meu certbot de domínio, a porta 443 já estava em uso pelo nginx respawned.
Eu estava realmente com pressa para consertar isso, então comecei uma solução muito suja, mas funcionou:
while true; do service nginx stop; sleep 2; done
Agora consegui atualizar meus certificados e descobrir mais tarde como parar o nginx definitivamente de uma maneira mais correta;)