Eu também estou enfrentando esse problema. Neste momento, não tenho outra solução além de sugerir que você pressione super-d novamente para desimular as janelas e, em seguida, pressione super-w para espalhar a janela.
Este é realmente um bug no pacote / unidade compiz. Aqui estão os 3 relatórios de bugs que estou seguindo e esperando para serem resolvidos em breve.