Você pode usar 'Wine' para instalar a maior parte do arquivo .exe. Mas você não pode instalar o servidor mssql 2008.Mas você pode instalar o servidor mysql em seu lugar.
Para instalar o MySQL você deve instalar o servidor mysql Metapackage. Isso pode ser feito procurando e instalando no Centro de Software ou executando os comandos a seguir.
sudo apt-get install mysql-server
Mas se você realmente quiser instalar o Microsoft SQL, então você pode instalar o 2000 sp3, mas não o 2008 como o vinho não suporta mssql 2008 Você pode verificar este link: Clique aqui para ir ao site de vinhos e você também pode verificar isso para instalação LAMP (linux apache, mysql, php) Clique aqui