Se o PDF que você importou usou gráficos vetoriais para itens como o código QR, então sim, o PDF que você exporta também terá gráficos vetoriais. Por meio de algumas experiências, parece que o Inkscape não produz exatamente os mesmos gráficos raster (bitmap) ao exportar para PDF, mas deve ser bom o suficiente para itens como um código QR.
Se o objetivo é apenas remover páginas, você considerou outras opções como o Acrobat (para Windows ou Mac) ou pdftk (para Linux)?