Admito que não entendo o que seu código deve fazer (leia: a questão não está clara nesse assunto). No entanto, posso responder isso:
As the next step, I appended
| wc -lto the secondfind, but I get for each line the same very high number, which tells me it's a count across directories (why?)
Você read -r thedir mas thedir nunca é usado. O segundo find é o mesmo comando toda vez, iniciando em . , daí o mesmo número.
Bônus: não vejo o ponto de echo "$(find …)" . Esse código cheira mal. Provavelmente deve ser apenas find … .