Eu vejo agora que era uma questão relacionada à metacidade. Eu adicionei
<icon x="(width - title_width) / 2 - mini_icon_width - 7" y="(height - title_height) / 2 " width="mini_icon_width" height="mini_icon_height" />
para a tag <draw_ops>
respectiva no tema do arquivo de metacity e ela fez o que eu queria.