No Bash:
diff <(sort file1 | cut -d , -f 1-2) <(sort file2 | cut -d , -f 1-2)
Mas diff
verá apenas duas colunas, portanto, sua saída (se houver uma diferença) será limitada a elas. Eu não sei se isso é aceitável para você.
Essa solução simples falhará se os arquivos tratarem de vírgulas, citações etc. Nesse caso, ferramentas mais especializadas devem ser usadas (por exemplo, importar os arquivos para uma planilha e trabalhar lá).