Todas as soluções que pesquisei até agora são para versões obsoletas do Chrome ou as soluções alternativas são muito complicadas ou estão envolvidas para a maioria dos usuários. Eu fui movido para continuar procurando. A solução foi simples e intuitiva (mas exigiu falsos começos e forçosos para perceber isso com um teclado aparentemente congelado):
Se você usar um protetor de tela com proteção por senha e deixar o computador no modo de tela cheia após sair para o trabalho (ou adormecer no Netflix), deverá digitar sua senha para recuperar o controle. Em tela cheia não há caixa de diálogo visível (está escondida atrás do aplicativo em tela cheia).
Tente primeiro - antes de clicar em qualquer coisa, basta digitar sua senha. Se você vir o cursor se transformar em uma roda, aguarde até que sua senha seja verificada. Então você poderá clicar nos botões de navegação novamente.
Tente segundo - no entanto, na maioria das vezes eu tenho que alternar cegamente para dar o diálogo de senha o foco, para que eu possa inserir minha senha. (Não há como saber qual aplicativo está por trás do total aplicação de tela, então você pode ter que alternar e digitar novamente a senha várias vezes. Persevere, isso funciona. não há necessidade de modificar as configurações ou rastrear o código se isso funciona para você.)
A maneira mais fácil de evitar isso é evitar deixar o computador no modo de tela cheia, mas essa é uma solução eficaz se você adormecer assistindo a Downton Abbey.
Eu verifiquei isso no Chrome versão 48.0.2564.109 (64 bits) no Ubuntu 12.04 LTS