Escolha o que quiser.
Eu tenho meus dados em uma partição / discworld porque no trabalho eu preciso de mais de um sistema operacional (RedHat, CentOS, SUSE, Ubuntu, SCO) e é muito mais fácil ter todo o meu software nessa partição (eu uso separe / home por instalação e crie links simbólicos para a minha partição).
Os dados também estão em um segundo disco para que eu possa retirá-lo do sistema e inseri-lo em outro lugar.
Para um único sistema operacional, isso não importa realmente. Atualmente, a instalação do Ubuntu pode ser feita sem perda de / home (mesmo que não esteja em uma partição separada).
Se você não hibernar / suspender, pode até mesmo ficar sem uma troca (meu notebook tem um ssd como primeiro disco e inicializa em 15 segundos, então, basta desligá-lo quando não preciso da máquina).
Please tell me if this is a stupid idea.
Não há idéia estúpida quando se trata de particionamento. Apenas o que eu ou outros acreditamos ser são, não torna a sua ideia estúpida. Apenas diferente. Alguns métodos com os quais todos concordamos são duvidosos, mas, novamente ...
Exemplo: uma partição para / var não é realmente necessária para a maioria de nós. Quando você usa o MySQL / var, ele será preenchido com arquivos larg (ish) para que ele possa ser executado integralmente. Mas você também pode colocar o banco de dados SQL em outro lugar. Então, pode parecer estranho no começo, mas também é um argumento válido para armazenar o banco de dados SQL em outro lugar (como em uma partição de usuário).
Qualquer configuração terá suas falhas e bons pontos. Apenas certifique-se de que sua configuração tenha todos os seus pontos positivos.