De acordo com as man pages de update-ca-certificates, inclua a opção -f para remover links simbólicos em / etc / ssl / certs
-f, --fresh
Fresh updates. Remove symlinks in /etc/ssl/certs directory.
Isso criará um novo arquivo ca-certificate.crt sem seu certificado CA raiz e removerá o link simbólico.
sudo update-ca-certificates -f