Eu tentei o seu script e ele funciona bem.
Eu tenho meus ícones se movendo também quando o explorador redefinir
Mas o que eu notei é que se você mover seus ícones para o local desejado, clique com o botão direito do mouse na área de trabalho e clique em Atualizar e, em seguida, execute o script que não moverá mais os ícones.
Deixe-me saber como é:)