Eu faço o boot duplo do Ubuntu e do Windows com o WUBI, versão 12.04, e tenho recentemente encontrado alguns problemas. De vez em quando, corro de cima e vejo que o mount.ntfs está ocupando toda a minha cpu. É impossível realizar outras tarefas e leva alguns minutos apenas para abrir um terminal.
Como eu uso o WUBI, o mount.ntfs está sempre rodando em segundo plano, mas está usando pouca ou nenhuma cpu. Seu grande uso parece ser acionado sempre que faço grandes alterações no disco, geralmente extraindo um grande arquivo zip. Mesmo depois de terminar, o uso de CPU grande continua.
Recentemente, isso também acontece sempre que tento executar o apt-get install, ele começa a consumir cpu após 98% dos repos serem verificados.
Existe alguma correção para isso? Também devo observar que os arquivos zip, quando eu reinicio, desaparecem.
O Wubi é conhecido por ser significativamente mais lento ao processar arquivos grandes. Referência em Phoronix.com
Mas parece que você pode ter alguma outra desleixada. Talvez tente executar fsck no root.disk - de um live CD ou no modo de recuperação.
Eu recomendaria o backup antes (dados ou todo o root.disk ). Para as instalações do Wubi, é uma boa ideia ter sempre backups atualizados.