Basta excluir todos os arquivos do Windows, tudo menos os arquivos que você deseja manter.
Supondo que seja um PC de mesa:
Desligue e remova o cabo de energia, segure o botão de energia por 15 segundos, abra o pc e desconecte os cabos antigos da unidade dentro do computador, conecte sua nova unidade e instale as janelas, assim que a nova instalação do Windows inicializar e funcionar, desligue desligue e reconecte a unidade antiga à placa-mãe (você pode precisar de um cabo de dados adicional para fazer isso), inicialize a partir da nova unidade e exclua os arquivos da unidade antiga.