Ainda não tenho ideia do que causou isso, mas uma atualização extra parece ter corrigido o problema.
Eu apenas atualizei meu laptop (Dell Latitude E6540) para o Fedora 28 e agora o sistema congela aleatoriamente a cada poucos segundos, o que é muito chato.
Eu pesquisei e descobri que talvez tenha algo a ver com a extensão do monitor do sistema, mas quando desativo isso, ainda acontece.
Depois de alguma experimentação, parece acontecer apenas quando eu movo o mouse, depois que ele não se moveu por cerca de 10 segundos. Isso acontece com um mouse USB como o touchpad integrado. O sistema não responde completamente (um script Python simples foi executado, e esse script também é interrompido), mas apenas por cerca de 1-2 segundos.