Depois de muita escavação, parece que o problema foi causado por algumas alterações relacionadas ao IP em algum lugar. (background: tanto o nginx quanto o apache estão no mesmo servidor.)
Especificamente, a configuração do mod_rpaf estava tendo o RPAF_ProxyIPs 127.0.0.1 desde 2016, quando eu o configurei. Mas de alguma forma, no início de abril, o servidor conseguiu se comunicar com o apache não no 127.0.0.1, mas no IP da LAN do servidor (192.168.0.3) Adicionando isso a RPAF_ProxyIPs sp; venceu o problema.