Verifique se você tem a tarefa agendada em execução em um diretório.
Ao usar caminhos de arquivo relativos, ele não funcionará quando executado em um diretório diferente. A Microsoft incluiu um recurso que recebe o comando e o executa em outro lugar, não onde o arquivo está localizado.
Clique duas vezes na tarefa agendada (ou clique em propriedades), vá para a guia Ações e edite a (s) ação (ões). De lá, você verá um pop-up com o campo "Iniciar em (opcional)". Coloque o diretório no qual o script está (ou em qual diretório você quer que ele seja executado)