Na verdade, o que aconteceu foi o conflito de SSD do GPT com 1TB HDD (MBR), que tinha uma partição estendida que eu criara antes de desligar o servidor pela primeira vez. Mesmo se não houvesse troca de RAID / AHCI, o problema aconteceria, era apenas uma familiaridade que não foi reconhecida. Descobrindo o conflito AQUI , exclui as partições hd secundárias e as converte em GPT também, e o problema foi resolvido.
Resumindo: o Windows detecta uma partição estendida em um disco MBR, como uma unidade de inicialização UEFI, causando conflito. Há uma correção aqui e aqui mas eles devem ser aplicados na instalação do sistema operacional.