Nas configurações, você pode definir o nível de recuo por bloco. O padrão é provavelmente 4, e se você criou seu código em outro lugar, e usou uma quantidade diferente (como 2), ele não irá corresponder. Você deve ser capaz de alterar as configurações para corresponder ao que preferir e, em seguida, o recuo automático será muito bem.
A barra amarela informa quais linhas foram modificadas e não tem nada a ver com as configurações de recuo. Ele ficará verde quando você salvar e será removido da próxima vez que você abrir o arquivo.