Eu tenho o mesmo problema. Jogando com o aplicativo Gnome Tweaks, ligar / desligar pastas do sistema na área de trabalho, às vezes corrige o problema, aleatoriamente, mas retorna novamente, especialmente ao fazer logout. Executando diagnósticos de dome, tudo o que posso dizer é que, se você mantiver o nautilus rodando antes de executar o nautilus-desktop, ele consertará o problema, mas você terá que manter o nautilus em execução, o que é uma bobagem. Caso contrário, executando nautilus-desktop primeiro, produz o seguinte erro:
Unable to create File Manager freedesktop proxy: Error calling StartServiceByName for org.freedesktop.FileManager1: GDBus.Error:org.freedesktop.DBus.Error.Spawn.ExecFailed: Failed to execute program org.freedesktop.FileManager1: No such file or directory