Sua linha:
for /f "tokens=2 delims==" %%a in ('findstr Video job1.ini') do set Video=%%a
não funciona porque o findstr também corresponderá às entradas Videoheight/VideoWidth
e terá a variável de ambiente resultante Video=1080
Tente isto (não testado):
@Echo off&SetLocal EnableExtensions EnableDelayedExpansion
Set "Video="
for /f "delims=" %%a in ('findstr /i "^Video=" job1.ini') do set "%%a"
if defined Video "C:\Temp\mkvmerge.exe" -o "E:\done.mkv" --title "B 1" "%Video%" "C:\Temp\audio.flac"