É um problema comum ao tentar usar um disco antigo com uma nova placa-mãe. A solução mais fácil seria usar um novo disco e montar o disco antigo como secundário e depois copiar o que você precisa.
Como alternativa, se houver espaço suficiente no disco, use um CD de inicialização do utilitário Linux para reparticionar o disco, movendo os dados antigos para o final do disco, por exemplo, e, em seguida, colocando uma nova partição no início. Em seguida, instale uma nova cópia do Windows. Talvez seja necessário deixar a partição dos dados antigos definida como oculta até que você tenha configurado a nova cópia do Windows.